认证机构在收到申请人书面申请之日起10个工作日内，将完成对申请材料的评审，并做出是否受理的决定。同意受理的，认证机构与申请人签订认证合同；不予受理的，将书面通知申请人，并说明理由。
    根据有关规定，认证机构在评审过程中，应确保认证要求规定明确、形成文件并得到理解；和申请人之间在理解上的差异得到解决；对于申请的认证范围、申请人的工作场所和特殊要求有能力开展认证服务，并保存评审过程的记录。
    在此之后，认证机构将下达检查任务，并下达检查任务书，内容包括但不限于：申请人的联系方式、地址等；检查依据，包括认证标准和其他相关法律法规；检查范围，包括检查产品种类和产地（基地）、加工场所等；检查要点，包括管理体系、追踪体系和投入物的使用等；对于上一年度获得认证的单位或者个人，本次认证应侧重于检查认证机构提出的整改要求的执行情况等。认证机构根据检查类别，委派具有相应资质和能力的检查员，并应征得申请人同意，但申请人不得指定检查员。对同一申请人或生产者/加工者不能连续3年或3年以上委派同一检查员实施检查。
    认证机构在现场检查前，将对申请人/生产者的管理体系等文件进行评审，确定其适宜性和充分性及与标准的符合性，并保存评审记录。认证机构制定检查计划并在现场检查前与申请人进行确认。检查计划应包括：检查依据、检查内容、访谈人员、检查场所及时间安排等。
    一般来讲，检查过程包括以下几个方面：
1.对生产地块、加工、贮藏场所等的检查；
2.对生产管理人员、内部检查人员、生产者的访谈；
3.对GB/T19630.4-2005：《有机产品 第4部分：管理体系》4.2.6条款所规定的生产、加工记录的检查；
4.对追踪体系的评价；
5.对内部检查和持续改进的评估；
6.对产地环境质量状况及其对有机生产可能产生污染的风险的确认和评估；
7.必要时，对样品采集与分析；
8.适用时，对上一年度认证机构提出的整改要求执行情况进行的检查；
9.检查员在结束检查前，对检查情况的总结。明确存在的问题并进行确认。允许被检查方对存在的问题进行说明。
    以BQC认证中心的检查实施过程为例，其检查组须依据所有适用的认证标准对申请认证组织覆盖其认证范围的产品进行现场检查，现场检查的内容包括：
（1）通过检查设施、土地和贮藏单位来评审经营者的生产和加工体系，包括风险评估；
（2）识别和调查有风险的地域；
（3）记录和帐户审查；
（4）农田的生产/销售平衡、投入/产出平衡、加工和经营的追溯审核；
（5）与相关责任人面谈，了解该农场的更多信息；
（6）操作者有效的执行验证标准和认证规则的变化；
（7）进行符合相关抽样原则的残留物抽样；
（8）以前的改进要求的满足情况；
（9）检查员认为有必要时，应该对农场非有机部分进行检查。