当生产过程检查完成后，认证机构根据认证过程中收集的所有信息进行评价，做出认证决定并及时通知申请人。申请人/生产者符合下列条件之一，予以批准认证：
1.生产活动及管理体系符合认证标准的要求。
2.生产活动、管理体系及其他相关信息不完全符合认证标准的要求，认证机构应提出整改要求，申请人已经在规定的期限内完成整改、或已经提交整改措施并有能力在规定的期限内完成整改以满足认证要求的，认证机构经过验证后可批准认证。
    申请人/生产者的生产活动存在以下情况之一，不予批准认证：
1.未建立管理体系，或建立的管理体系未有效实施；
2.使用禁用物质；
3.生产过程不具有可追溯性；
4.按照认证机构规定的时间完成整改、或提交整改措施；所提交的整改措施未满足认证要求；
5.其他严重不符合有机标准要求的事项。
    认证机构将对批准认证的申请人及时颁发认证证书，准许其使用认证标志/标识。并与获得认证的单位或者个人签订有机产品标志/标识使用合同，明确标志/标识使用的条件和要求。此后，认证机构将对获得认证的单位或个人、产品采取有效的管理措施，必要时实施未通知检查，以保证持续符合认证要求。
    认证机构对获证产品的标志使用情况进行跟踪管理，确保使用有机标志/标识的产品与认证证书规定范围一致（包括标志的数量），并及时获得有关变更的信息，并采取适当的措施进行管理，以确保获得认证的单位或个人符合认证的要求。获得有机产品认证的生产、加工单位或者个人，从事有机产品销售的单位或者个人，应当在生产、加工、包装、运输、贮藏和经营等过程中，按照有机产品国家标准和有关规定，建立完善的跟踪检查体系和生产、加工、销售记录档案制度。
    根据《有机产品认证管理办法》第二十七条的规定，获得有机产品认证证书的单位或者个人，发生下列情形之一的，认证机构将作出暂停、撤销认证证书的决定：
（一）获证产品不能持续符合标准、技术规范要求的；
（二）获证单位或者个人发生变更的；
（三）有机产品生产、加工单位发生变更的；
（四）产品种类与证书不相符的；
（五）未按规定加施或者使用有机产品标志的。
    认证机构会及时撤销或暂停其认证证书，要求其停止使用认证标志/标识，并对外公布。